分子生物學實驗的染料主要涉及到核酸染料和蛋白質(zhì)染料，核酸染料主要有EB（溴化乙錠,高致癌性），goldview,sybr green（實時定量PCR時常用染料）這些染料可以和核酸雙鏈分子特異性結(jié)合發(fā)出強熒光而被檢測到，蛋白質(zhì)染料最常用的是考馬斯亮藍 R-250，硝酸銀，其中硝酸銀有時也用于核酸染色。
染料分為天然染料和人工染料兩種。天然染料有胭脂蟲紅、地衣素、石蕊和蘇木素等，它們多從植物體中提取得到，其成分復雜，有些至今還未搞清楚。目前主要采用人工染料，也稱煤焦油染料，多從煤焦油中提取獲得，是苯的衍生物。多數(shù)染料為帶色的有機酸或堿類，難溶于水，而易溶于有機溶劑中。為使它們易溶于水，通常制成鹽類。
染料可按其電離后染料離子所帶電荷的性質(zhì)，分為酸性染料、堿性染料、中性（復合）染料和單純?nèi)玖纤拇箢悺?標本干燥后即進行固定，固定的目的有三個：
1）殺死微生物，固定細胞結(jié)構(gòu)。
2）保證菌體能更牢的粘附在載玻片上，防止標本被水沖洗掉。
3）改變?nèi)玖蠈毎耐ㄍ感?，因為死的原生質(zhì)比活的原生質(zhì)易于染色。
