為了避免雜菌污染，獲得微生物純培養(yǎng)物，培養(yǎng)基必須及時(shí)嚴(yán)格滅菌。通常采用高壓蒸汽滅菌。一般培養(yǎng)基用0. IMPa (121℃)維持15 ~ 30min即可徹底滅菌。長時(shí)間的高溫滅菌會使某些不耐熱的物質(zhì)破壞，如使糖類物質(zhì)形成氨基糖、焦糖。因此，含糖培養(yǎng)基常用0.05MPa (110℃) 滅菌20 ~ 30min某些對糖類要求更高的培養(yǎng)基，可先將糖過濾除菌或間歇滅菌，再與其他已滅菌的成分混合。長時(shí)間高溫滅菌也會使磷酸鹽、碳酸鹽與鈣、鎂鐵等陽離子形成難溶性化合物而產(chǎn)生沉淀。為了防止這類沉淀發(fā)生，可將這些物質(zhì)分別滅菌，冷卻后再混合；也可在培養(yǎng)基中加入少量整合劑(0.01%乙二胺四乙酸，即EDTA)使金屬離子形成可溶性絡(luò)合物，防止沉淀的產(chǎn)生。高壓蒸汽滅菌一般使培養(yǎng)基 pH降低， 應(yīng)在配制培養(yǎng)基時(shí)加以調(diào)節(jié)。
干熱滅菌和濕熱滅菌,干熱滅菌方法：包在鐵質(zhì)容器內(nèi),進(jìn)行高溫烘烤.濕熱用牛皮紙包起來放在高壓鍋中進(jìn)行高壓滅菌.
濕熱滅菌、煮沸滅菌和過濾除菌,煮沸滅菌在電磁爐或者微波爐內(nèi)進(jìn)行煮沸即可,過濾除菌適用于不能高溫處理的培養(yǎng).
高壓蒸汽滅菌：
高壓蒸汽滅菌適合于耐高溫培養(yǎng)基、接種器械和蒸餾水的滅菌。培養(yǎng)基在愛制備過程中混入各種雜菌，分裝后應(yīng)立即滅菌，至少應(yīng)在24h內(nèi)完成滅菌工作。滅菌時(shí)一般是在0.105MPa壓力下，溫度121℃時(shí)，滅菌15~30min即可。消毒時(shí)間不宜過長，也不能超過規(guī)定的壓力范圍，否則有機(jī)物質(zhì)特別是維生素類物質(zhì)就會在高溫下分解，失去營養(yǎng)作用，也會使培養(yǎng)基變質(zhì)、變色，甚至難以凝固。
可將蒸餾水或自來水裝在三角瓶中，裝水量一般不超過瓶的2/3，用牛皮紙或硫酸紙包扎封口，然后放入高壓鍋中滅菌后即為無菌水。 滅菌后的培養(yǎng)基可放到培養(yǎng)室中預(yù)培養(yǎng)3d，若無污染現(xiàn)象，則證明滅菌是徹底的，可以使用。暫時(shí)不用的培養(yǎng)基最好置于10℃下保存。含IAA或GA3的培養(yǎng)基應(yīng)在1周內(nèi)用完，其他培養(yǎng)基最多也不要超過1個(gè)月。
過濾滅菌：
一些植物生長調(diào)節(jié)劑及有機(jī)物，如IAA、GA3、ZT、CM等，遇熱容易分解，不能與培養(yǎng)基一起進(jìn)行高溫滅菌，而要使用細(xì)菌過濾器濾去其中的雜菌。細(xì)菌過濾器與濾膜（孔徑0.45微米）使用之前要先進(jìn)行高壓滅菌。過濾后的溶液要立即加入培養(yǎng)基中，若為液體培養(yǎng)基，可在培養(yǎng)基冷卻至30℃時(shí)加入；若為固體培養(yǎng)基，必須在培養(yǎng)基凝固之前（50-60℃）加入，振蕩使溶液與其他成分混合均勻。
