1.超濾超濾是利用壓力或離心力，使小分子溶質(zhì)和溶劑穿過一定孔徑的特制的薄膜而使大分子溶質(zhì)不能透過，留在膜的一邊，從而使大分子物質(zhì)得到了部分的純化，根據(jù)蛋白質(zhì)分子大小的不同而選擇不同分子量的膜上，以達(dá)到濃縮和脫鹽的目的，從而使蛋白質(zhì)得到分離。
2.鹽析法
鹽析一般是指溶液中加入無機(jī)鹽類，蛋白質(zhì)在低鹽濃度下的溶解度隨著鹽溶液濃度升高而增加，當(dāng)鹽濃度不斷上升時，蛋白質(zhì)的溶解度又以不同程度下降并先后析出，此稱鹽析，從而達(dá)到分離純化的效果。一般粗抽提物常用該法進(jìn)行粗分。
3.有機(jī)溶劑沉淀法
利用不同蛋白質(zhì)在不同濃度的有機(jī)溶劑中的溶解度差異而分離的方法即為有機(jī)溶劑沉淀法。有機(jī)溶劑能降低溶液的介電常數(shù)，削弱溶劑分子與蛋白分子間的作用力，從而增加蛋白質(zhì)分子上帶電粒子的相互吸引力，致使蛋白分子聚合沉淀；另有機(jī)溶劑溶解于水的同時，能從蛋白質(zhì)周圍的水化層中奪走水分子，破壞水化層，從而使蛋白質(zhì)沉淀析出。
4.凝膠層析
混合物隨流動相流經(jīng)裝有凝膠作為固定相的層析柱時，溶液中各物質(zhì)因分子大小不同而被分離，在洗脫過程中，分子質(zhì)量最大的物質(zhì)因不能進(jìn)入凝膠網(wǎng)孔而沿凝膠顆粒間的空隙最先流出柱外，分子量最小的物質(zhì)能進(jìn)入凝膠網(wǎng)孔而受阻滯，流速緩慢，致使最后流出柱外。凝膠層析是一種快速而簡便的分離分析技術(shù)，操作條件比較溫和，可在相當(dāng)廣的溫度范圍下進(jìn)行，不需要有機(jī)溶劑，并且對分離成分理化性質(zhì)的保持有獨(dú)到之處，對于高分子物質(zhì)有很好的分離效果。因此被生物化學(xué)、分子生物學(xué)、生物工程以及醫(yī)藥學(xué)等領(lǐng)域廣泛應(yīng)用。陳寧等利用Sephadex G-25凝膠層析柱和反相柱對核桃蛋白酶解物，獲得抗氧化能力最強(qiáng)的多肽序列Ala-Gly-Gly-Ala。張志強(qiáng)等，采用硫酸鈉鹽析法與凝膠層析法對卵黃進(jìn)一步純化，得到純度為97%的IgY。
5.親和層析
蛋白混合液通過層析柱時，與吸附劑具有親和能力的蛋白質(zhì)被吸附而滯留在層析柱中，沒有親和力的蛋白質(zhì)不被吸附，直接流出，從而與被分離的蛋白質(zhì)分開，然后選用適當(dāng)?shù)南疵撘海淖兘Y(jié)合條件將被結(jié)合的蛋白質(zhì)洗脫下來，從而達(dá)到分離提純的目的，這種分離純化蛋白質(zhì)的方法稱為親和層析。
